Configurado um ano após o fim de Persona 4, Naoto é solicitada a investigar os misteriosos desaparecimentos de dois alunos de Yagakoro por uma velha amiga detetive, Touko Aoi. Lá, ela é parceira de Sousei Kurogami, um detetive mecânico e um oposto polar a ela em termos de personalidade e metodologia. Em seu primeiro encontro, ela desperta a um novo persona Amatsu Mikaboshi, que a permite amplificar a habilidade de Persona de Sousei, Tsukuyomi. Juntos com Sousei, ela descobre o Midnight Site, um site anônimo onde o julgamento é passado sobre os outros por cinco juízes nomeados após figuras da mitologia japonesa – Uzume, Sarutahiko, Omoikane, Tajikarao e Futotama.
No entanto, rapidamente se torna aparente que esse caso e outro sob a supervisão de Touko estão relacionados quando um dos cinco juízes aparece morto com balística apontando para a arma de um policial desaparecido. Naoto e os outros devem descobrir a identidade dos outros juízes para protegê-los e descobrir o culpado que busca matá-los.
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